ハンズオンで学ぶ、バイオインフォマティクス【入門編】～基礎からデータ解析の実際まで～

セミナー趣旨

  遺伝情報を用いた個別化予防、細胞動態の観察、薬剤開発、iPS細胞などの品質管理、新規生物種の発見、または既知生物種の再分類など、ゲノムあるいは遺伝情報を用いた研究がNGSと呼ばれる高速かつ大出力DNAシークエンサーの発展により加速している。
  一方で、これらのデータを取り扱うことに長けているバイオインフォマティシャンの絶対数が世界的に足りず、データの出力に解析が追いついていない現状があるが、文科省、厚労省、経産省の要請によりバイオインフォマティシャンの育成が推進されており、徐々にではあるが一定の成果を上げつつある。
　本セミナーではこれらのゲノム情報を実際に取り扱うための基礎知識を座学・実習を通して学ぶことを目的とする。

受講対象・レベル

・ゲノム・トランスクリプトームデータを用いたバイオインフォマティクス解析に興味を持っている方
・これからバイオインフォマティクス解析を始める、あるいは始めたばかりの方で、一通りの解析を経験したい方

必要な予備知識

・Windows, Mac, AndroidなどOSは問わず、いずれかのデスクトップPC、タブレットPCを使用したことがある方
・キーボードを用いた文字入力ができること
※コマンド入力の仕組みや操作は当日講義で説明致します。

習得できる知識

・Linuxの基本的な使い方
・Rの基本的な使い方
・シークエンスデータやゲノムデータの基本的な取扱い
・バイオインフォマティクスの基礎
など

セミナープログラム

【1日目（8月31日）】
1．バイオインフォマティクスとは
　1）バイオインフォマティクスの基礎
　2）NGS（シークエンサー）を用いた生体情報の理解
2．Linuxの使い方【PC演習】
　1）OSの起動
　2）基本的な取扱
　3）ターミナルの使い方
　4）Linuxの基本コマンド
3．DNAシークエンサー
　1）シークエンサーの種類と各機種の特徴
　2）DNAシークエンサーのデータフォーマット
　　a）FASTA
　　b）fastq
4．ヒトゲノムについて
　1）ヒトゲノム解読の歴史と戦略
　2）ゲノムの再シーケンス
5．個人ゲノム解読
　1）個人ゲノム解読の歴史
　2）ゲノム配列の個人差・コスト
　3）ゲノム解析による治療方針の決定例
6．疾患ゲノム解析
　1）遺伝性疾患について
　2）疾患ゲノム解析のながれ
　3）仮想データを用いた疾患ゲノム解析【PC演習】
　　a）使用するfastqデータの確認
　　b）配列データ処理
　　c）変異候補の抽出
　　d）検出された多型をデータベースで確認

【2日目（9月1日）】
7．遺伝子発現解析【PC演習】
　1）RNA-seqについて
　2）遺伝子発現解析のながれ
　3）公開データを用いた遺伝子発現解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）RNA-seqデータのマッピング（pseudoalignment）
　　d）遺伝子発現量の算出
　　e）発現変動遺伝子の検出
　　f）解析結果の描画
　　g）エンリッチメント解析
　　h）Protein-protein interaction解析
8．ゲノムワイド関連解析【PC演習】
　1）GWASについて
　2）解析の流れ
　3）デモデータを用いたゲノムワイド関連解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）データの品質評価（QC）
　　d）調整因子の検討
　　e）連続値を用いたゲノムワイド関連解析
　　f）解析結果の要約と評価
　　g）公開データベースを用いた解析結果の解釈
＜質疑応答＞

■ご講演中のキーワード：
Linux、バイオインフォマティクス、Ｒ、公共データベース、ゲノム解析、ゲノムワイド関連解析、遺伝子発現解析

＊途中、小休憩を挟みます。

セミナー講師

 清水 厚志 先生   岩手医科大学 医歯薬総合研究所 生体情報解析部門 教授　
 山﨑 弥生 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教　
 小巻 翔平 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教　

セミナー受講料

『8/31、9/1両日受講』の場合
1名88,000円(税込（消費税10％）
＊資料付
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき77,000円

『8/31、9/1いずれか1日のみ受講』の場合
1名55,000円(税込（消費税10％）
＊資料付
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき44,000円
＊1日のみ受講の場合は申込フォーム備考欄にその旨ご記入ください。

※本講座は「見逃し配信あり」のみのコースになっております。
※資料配布、インストール等のご準備の都合上、開催1週間前までにお申込みをお願い致します。

＊学校法人割引；学生、教員のご参加は受講料50％割引。

ハンズオン講座について（PC環境ご準備のお願いなど）

ハンズオン実習のすすめ方ついて

• 本セミナーは講師含め5名体制でサポート致します。
  ① セミナー開始後、まずは座学でのご講演および講師のPC操作を見て頂きます。
  ② その後、受講者の皆様のお手元のPCで実際に操作を頂きます。
  ③ 操作していて質問したい点、不明点等がありましたら、講師／受講者が1対1でやり取りできる
  　　質問用の小部屋（ブレイクアウトルーム）へご案内しサポート致します。
  ④ ①～③を繰り返し進行します。出来る限り対面セミナーに近い形でのサポートを心がけます。

本セミナーは、Zoomを使用してオンラインでのご講演を行います。

• ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております。
  お手数ですが下記公式サイトからZoomが問題なく使えるかどうか、ご確認下さい。
  → 確認はこちら
  ※Skype／Teams／LINEなど別のミーティングアプリが起動していると、Zoomでカメラ・マイクが使えない事があります。お手数ですがこれらのツールはいったん閉じてお試し下さい。
• Zoomアプリのインストール、Zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です。
  ※一部のブラウザは音声（音声参加ができない）が聞こえない場合があります。
  　必ずテストサイトからチェック下さい。
  　対応ブラウザーについて(公式) ;
  　「コンピューターのオーディオに参加」に対応してないものは音声が聞こえません。

受講推奨環境・事前準備のお願い等

• 本セミナーは、「VirtualBox」というフリーの仮想PCソフトを用いてハンズオン実習を行います。
  • 事前に「VirtualBox」および仮想PCを立ち上げるためのovaファイルをインポート頂きます。
  • データ容量は合計最大15GB程度ございます。
  • ソフトのインストール方法などは開催が近くなりましたらご案内致します。
  • よくあるケースとして、セキュリティ等の関係でインストールや仮想環境立ち上げが上手くいかない場合がございます。特に会社のPCをご使用される際は、仮想環境が使用可能なPCをご準備頂くようお願い致します。
• 当日は可能であれば講義閲覧用／ハンズオン用計2台のデバイスで受講頂けると快適に受講できます。
  
  • PC2台またはPC1台、タブレット1台がお勧めです。
  • PC1台、スマートフォン1台でも受講は可能ですが、コード等が見づらくなる事ご了承ください。
  • WEB環境への接続および、マイクが使用できるかの確認（質問時に使用）をお願い致します。
  • ※PC1台のみでも受講可能ですが、スペックによって動作が遅くなる等の不具合が出る可能性がございます。
    PC1台で受講される場合、モニタ2画面で受講頂くとスムーズです。
    1画面でも、切り替えが必要にはなりますが受講自体は可能です。
• ハンズオン用PCスペック（閲覧用とデバイス2台でご参加頂いた場合）
  
  • CPU：仮想化支援技術「IntelVT」もしくは「AMD-V」をサポートしているCPU
  • メモリ：4GB以上
  • HDDやSSDの空きが30GB以上
    ※古い機種でなければ、上記満たしている事が多いです。
• その他
  
  • PCが2台ご準備できない方は、PCレンタル業者およびお勧め機種を紹介することも可能です。
    ただし仲介ではございませんので、ご自身で業者の方とのやり取りをお願い致します。

配布資料について

• 資料は印刷物を、演習用データはUSBに入れて郵送で送付致します。
  お申込の際はお受け取り可能な住所をご記入ください。

復習用の見逃し配信、講師へのご質問について

• 本セミナーは原則セミナー終了から3日以内に当日のセミナー映像を受講者限定で公開します。
  （ブレイクアウトルームでのやり取りは公開しません。）
• 視聴可能期間は配信開始から10日間を予定しています。期間内であれば動画を繰り返し視聴できます。
• 見逃し配信閲覧用URLおよび閲覧可能期間はメールで別途ご連絡致します。
• 見逃し配信期間中であれば講師への質問も可能です。
• 見逃し配信について
  →こちらから問題なく視聴できるかご確認下さい（テスト視聴動画へ）パスワード「123456」