ハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス（入門編) ～基礎からデータ解析の実際まで～

セミナー趣旨

  遺伝情報を用いた個別化予防、細胞動態の観察、薬剤開発、iPS細胞などの品質管理、新規生物種の発見、または既知生物種の再分類など、ゲノムあるいは遺伝情報を用いた研究がNGSと呼ばれる高速かつ大出力DNAシークエンサーの発展により加速している。
  一方で、これらのデータを取り扱うことに長けているバイオインフォマティシャンの絶対数が世界的に足りず、データの出力に解析が追いついていない現状があるが、文科省、厚労省、経産省の要請によりバイオインフォマティシャンの育成が推進されており、徐々にではあるが一定の成果を上げつつある。
  本セミナーではこれらのゲノム情報を実際に取り扱うための基礎知識を座学・実習を通して学ぶことを目的とする。

受講対象・レベル

・ゲノム・トランスクリプトームデータを用いたバイオインフォマティクス解析に興味を持っている方
・これからバイオインフォマティクス解析を始める、あるいは始めたばかりの方で、一通りの解析を経験したい方

必要な予備知識

・Windows、Mac、AndroidなどOSは問わず、いずれかのデスクトップPC、タブレットPCを使用したことがある方
・キーボードを用いた文字入力ができること
※バイオインフォマティクスに必要なコマンド入力や仕組み等は当日講義で説明致します。

習得できる知識

・Linuxの基本的な使い方
・Rの基本的な使い方
・シークエンスデータやゲノムデータの基本的な取扱い
・バイオインフォマティクスの基礎
   など

セミナープログラム

【１日目：2022年8月23日　13:00-17:30】
１．バイオインフォマティクスとは
　1）バイオインフォマティクスの基礎
　2）NGS（シークエンサー）を用いた生体情報の理解
　3）データ処理の流れ
２．Linuxの使い方【PC演習】
　1）OSの起動
　2）基本的な取扱い
　3）ターミナルの使い方
　4）Linuxの基本コマンド
３．DNAシークエンサー
　1）シークエンサーの種類と各機種の特徴
　2）DNAシークエンサーのデータフォーマット
　　a）FASTA
　　b）fastq
４．ヒトゲノムについて
　1）ヒトゲノム解読の歴史と戦略
　2）ゲノムの再シーケンス
５．個人ゲノム解読
　1）個人ゲノム解読の歴史
　2）ゲノム配列の個人差・コスト
　3）ゲノム解析による治療方針の決定例
６．疾患ゲノム解析
　1）遺伝性疾患について
　2）疾患ゲノム解析のながれ
　3）仮想データを用いた疾患ゲノム解析【PC演習】
　　a）使用するfastqデータの確認
　　b）配列データ処理
　　c）変異候補の抽出
　　d）検出された多型をデータベースで確認

【２日目：2022年8月24日　13:00-17:30】
７．遺伝子発現解析【PC演習】
　1）RNA-seqについて
　2）遺伝子発現解析のながれ
　3）公開データを用いた遺伝子発現解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）RNA-seqデータのマッピング（pseudoalignment）
　　d）遺伝子発現量の算出
　　e）発現変動遺伝子の検出
　　f）解析結果の描画
　　g）エンリッチメント解析
　　h）Protein-protein interaction解析
８．ゲノムワイド関連解析【PC演習】
　1）GWASについて
　2）解析の流れ
　3）デモデータを用いたゲノムワイド関連解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）データの品質評価（QC）
　　d）調整因子の検討
　　e）連続値を用いたゲノムワイド関連解析
　　f）解析結果の要約と評価
　　g）公開データベースを用いた解析結果の解釈
＜質疑応答＞

＊途中、小休憩を挟みます。

＊本講座は10日間の見逃し配信付きの講座になっております。

■受講者の声
・バイオインフォマティクスのセミナーは3度目の受講ですが、今回が一番良かったです。
・バイオインフォマティクスを扱う際のLinux操作からdbSNP、OMIMといったDBの活用、解析途中のファイル
   構造まで幅広くご講演頂き有益でした。
・疾患ゲノム解析やGWAS解析、遺伝子発現解析、RNA-Seqなど興味深い内容満載でした。
・特にRNA-Seqは実践的かつ初心者にもわかりやすく良かったです。また似たような機会がありましたら参加させて
   いただきたく思います。
・オンラインでの演習実施という難しい環境だったが、チャットでの質問への素早い返答や個人的にTAが付いたりと、
   手厚いサポートでとても安心できるセミナーだった。ありがとうございました。
・歴史的背景なども含めてお話しくださり、興味深くまた面白かった。
   など多くのご好評の声を頂戴いたしました！

セミナー講師

 清水 厚志 先生   岩手医科大学 医歯薬総合研究所 生体情報解析部門 教授　

 山﨑 弥生 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教

 小巻 翔平 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教

セミナー受講料

【2日間ご参加の場合】1名88,000円(税込（消費税10％）、資料、見逃し配信付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき77,000円

【いずれか1日のみご参加の場合】1名55,000円(税込（消費税10％）、資料、参加日のみ見逃し配信付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき44,000円

＊学校法人割引；学生、教員のご参加は受講料50％割引。
＊どちらか1日のみの受講を希望の方は、備考欄にその旨ご記入ください。

受講について

※本講座は、お手許のPCやタブレット等で受講できるオンラインセミナーです。

配布資料・講師への質問等について

• 配布資料は、および演習用データは、USBに入れて郵送で送付致します。
  お申込の際はお受け取り可能な住所をご記入ください。
  お申込みは4営業日前までを推奨します。
  それ以降でもお申込みはお受けしておりますが（開催1営業日前の12:00まで）、
  テキスト到着がセミナー後になる可能性がございます。
• 当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
  （全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。）
• 本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり、
  無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。

下記ご確認の上、お申込み下さい

• PCもしくはタブレット・スマートフォンとネットワーク環境をご準備下さい。
• ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております（20Mbbs以上の回線をご用意下さい）。
  各ご利用ツール別の動作確認の上、お申し込み下さい。
• 開催が近くなりましたら、当日の流れ及び視聴用のURL等をメールにてご連絡致します。

Zoomを使用したオンラインセミナーとなります

• ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております。
  お手数ですが下記公式サイトからZoomが問題なく使えるかどうか、ご確認下さい。
  → 確認はこちら
  ※Skype／Teams／LINEなど別のミーティングアプリが起動していると、Zoomでカメラ・マイクが使えない事があります。お手数ですがこれらのツールはいったん閉じてお試し下さい。
• Zoomアプリのインストール、Zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です。
  ※一部のブラウザは音声（音声参加ができない）が聞こえない場合があります。
  　必ずテストサイトからチェック下さい。
  　対応ブラウザーについて(公式) ;
  　「コンピューターのオーディオに参加」に対応してないものは音声が聞こえません。

本講座は10日間の見逃し配信付きの講座になっております。

• 本セミナーは原則終了から3日以内に当日のセミナー映像を受講者限定でご案内致します。
  （ブレイクアウトルームでのやり取りは公開しません。）
• 視聴可能期間は配信開始から10日間を予定しています。期間内は動画を繰り返し視聴できます。
• 見逃し配信期間中であれば講師への質問も可能です。
  →こちらから問題なく視聴できるかご確認下さい（テスト視聴動画へ）パスワード「123456」

PCを用いた演習について

※本講座は、PCを用いた操作や解析演習を多く交えて進行しますので、以下のご準備をお願い致します。

• 1）以下を満たすPCをご準備ください。
  ・CPU：仮想化支援技術「IntelVT」もしくは「AMD-V」をサポートしているCPU
  ・メモリ:4GB以上
  ・HDDやSSDの空き30GB以上
  ・マイク、スピーカーが使用できるPC（外付け可）
  ※現時点では、M1チップが搭載されているMacはVirtual Boxがサポートされていませんのでご注意ください。
  ※古い機種でなければ、上記満たしている事が多いです。
  ※デバイス1台でご受講頂けますが、視聴用／演習用2台ご準備頂くとより快適に受講できます。
• 2）事前に「VirtualBox（フリーの仮想PCソフト）」および演習用データのダウンロード
  ・具体的なダウンロード方法などは、開催2週前を目途にご案内予定です。
  ・データ容量が10GB程度ございますので、十分な空き容量の確保をお願い致します。
  ・セキュリティ等の関係で、インストールや仮想環境立ち上げが上手くいかない場合がございます。
  　特に会社のPCをご使用される際は、仮想環境が使用可能なPCをご準備頂くようお願い致します。

セミナーの進め方

• 合計6名体制で講義＋サポート致します。基本的な進め方は以下となります。
  1）講師：座学による講義＋講師PCでの演習
  2）受講者：お手元のPCで実際に操作
  3）受講者：不明点等あればチャット質問または、講師と1対1で口頭でのやり取り可能な
                  ブレイクアウトルームへご案内しサポート
  ※1）～3）を繰り返し2日間進行します。出来る限り対面セミナーに近い形でサポートします。