ハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス【入門編】～基礎からデータ解析の実際まで～

セミナー趣旨

  遺伝情報を用いた個別化予防、細胞動態の観察、薬剤開発、iPS細胞などの品質管理、新規生物種の発見、または既知生物種の再分類など、ゲノムあるいは遺伝情報を用いた研究がNGSと呼ばれる高速かつ大出力DNAシークエンサーの発展により加速している。
  一方で、これらのデータを取り扱うことに長けているバイオインフォマティシャンの絶対数が世界的に足りず、データの出力に解析が追いついていない現状があるが、文科省、厚労省、経産省の要請によりバイオインフォマティシャンの育成が推進されており、徐々にではあるが一定の成果を上げつつある。
  本セミナーではこれらのゲノム情報を実際に取り扱うための基礎知識を座学・実習を通して学ぶことを目的とする。

受講対象・レベル

・ゲノム・トランスクリプトームデータを用いたバイオインフォマティクス解析に興味を持っている方
・これからバイオインフォマティクス解析を始める、あるいは始めたばかりの方で、一通りの解析を経験したい方

必要な予備知識

・Windows, Mac, AndroidなどOSは問わず、いずれかのデスクトップPC、タブレットPCを使用したことがある方
・キーボードを用いた文字入力ができること
※バイオインフォマティクスに必要なコマンド入力と仕組みや操作は、当日講義で説明致します。

習得できる知識

・Linuxの基本的な使い方
・Rの基本的な使い方
・シークエンスデータやゲノムデータの基本的な取扱い
・バイオインフォマティクスの基礎
   など

セミナープログラム

【1日目：2022年2月7日】
1．バイオインフォマティクスとは
　1）バイオインフォマティクスの基礎
　2）NGS（シークエンサー）を用いた生体情報の理解
2．Linuxの使い方【PC演習】
　1）OSの起動
　2）基本的な取扱
　3）ターミナルの使い方
　4）Linuxの基本コマンド
3．DNAシークエンサー
　1）シークエンサーの種類と各機種の特徴
　2）DNAシークエンサーのデータフォーマット
　　a）FASTA
　　b）fastq
4．ヒトゲノムについて
　1）ヒトゲノム解読の歴史と戦略
　2）ゲノムの再シーケンス
5．個人ゲノム解読
　1）個人ゲノム解読の歴史
　2）ゲノム配列の個人差・コスト
　3）ゲノム解析による治療方針の決定例
6．疾患ゲノム解析
　1）遺伝性疾患について
　2）疾患ゲノム解析のながれ
　3）仮想データを用いた疾患ゲノム解析【PC演習】
　　a）使用するfastqデータの確認
　　b）配列データ処理
　　c）変異候補の抽出
　　d）検出された多型をデータベースで確認

【2日目：2022年2月8日】
7．遺伝子発現解析【PC演習】
　1）RNA-seqについて
　2）遺伝子発現解析のながれ
　3）公開データを用いた遺伝子発現解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）RNA-seqデータのマッピング（pseudoalignment）
　　d）遺伝子発現量の算出
　　e）発現変動遺伝子の検出
　　f）解析結果の描画
　　g）エンリッチメント解析
　　h）Protein-protein interaction解析
8．ゲノムワイド関連解析【PC演習】
　1）GWASについて
　2）解析の流れ
　3）デモデータを用いたゲノムワイド関連解析【PC演習】
　　a）解析環境の準備
　　b）データの準備・確認
　　c）データの品質評価（QC）
　　d）調整因子の検討
　　e）連続値を用いたゲノムワイド関連解析
　　f）解析結果の要約と評価
　　g）公開データベースを用いた解析結果の解釈
＜質疑応答＞

＊途中、小休憩を挟みます。

■前回オンラインセミナー受講者の声：
・バイオインフォマティクスのセミナーは3度目の受講ですが、今回が一番良かったです。
・バイオインフォマティクスを扱う際のLinux操作からdbSNP, OMIMといったDBの活用、解析途中のファイル構造まで
   幅広くご講演頂き有益でした。
・疾患ゲノム解析やGWAS解析、遺伝子発現解析、RNA-Seqなど興味深い内容満載でした。
・オンラインでの演習実施という難しい環境だったが、チャットでの質問への素早い返答や個人的にTAが付いたりと、
   手厚いサポートでとても安心できるセミナーだった。ありがとうございました。
・歴史的背景なども含めてお話しくださり，興味深くまた面白かった。
   など多くのご好評の声を頂戴いたしました！

セミナー講師

 清水 厚志 先生   岩手医科大学 医歯薬総合研究所 生体情報解析部門 教授　
 山﨑 弥生 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教　
 小巻 翔平 先生   岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門 特命助教　

セミナー受講料

【2日間ご参加の場合】1名88,000円(税込（消費税10％）、資料、見逃し配信付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき77,000円

【いずれか1日のみご参加の場合】1名55,000円(税込（消費税10％）、資料、参加日のみ見逃し配信付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき44,000円

＊学校法人割引；学生、教員のご参加は受講料50％割引。
＊1日のみの参加も可能ですが、2日間ご参加を推奨します。
　1日のみの参加をご希望の場合は、申し込みの際備考欄にご記入ください。
＊本講座は10日間の見逃し配信付きの講座になっております。

受講について

※本講座は、お手許のPCやタブレット等で受講できるオンラインセミナーです。

配布資料・講師への質問等について

• 配布資料および演習用データは、USBに入れて郵送で送付致します。
  お申込の際はお受け取り可能な住所をご記入ください。
  お申込みは4営業日前までを推奨します。
  それ以降でもお申込みはお受けしておりますが（開催1営業日前の12:00まで）、
  テキスト到着がセミナー後になる可能性がございます。
• 当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
  （全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。）
• 本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり、
  無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。

下記ご確認の上、お申込み下さい

• PCもしくはタブレット・スマートフォンとネットワーク環境をご準備下さい。
• ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております（20Mbbs以上の回線をご用意下さい）。
  各ご利用ツール別の動作確認の上、お申し込み下さい。
• 開催が近くなりましたら、当日の流れ及び視聴用のURL等をメールにてご連絡致します。

Zoomを使用したオンラインセミナーとなります

• ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております。
  お手数ですが下記公式サイトからZoomが問題なく使えるかどうか、ご確認下さい。
  → 確認はこちら
  ※Skype／Teams／LINEなど別のミーティングアプリが起動していると、Zoomでカメラ・マイクが使えない事があります。お手数ですがこれらのツールはいったん閉じてお試し下さい。
• Zoomアプリのインストール、Zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です。
  ※一部のブラウザは音声（音声参加ができない）が聞こえない場合があります。
  　必ずテストサイトからチェック下さい。
  　対応ブラウザーについて(公式) ;
  　「コンピューターのオーディオに参加」に対応してないものは音声が聞こえません。

見逃し視聴が可能な講座です

• 本セミナーは原則終了から3日以内に当日のセミナー映像を受講者限定でご案内致します。
  （ブレイクアウトルームでのやり取りは公開しません。）
• 視聴可能期間は配信開始から10日間の予定です。セミナーを復習したい方、当日の受講が難しい方、
  期間内であれば動画を何度も視聴できます。見逃し配信期間中であれば講師への質問も可能です。
  尚、閲覧用のURLはメールにてご連絡致します。
  ※万一、見逃し視聴の提供ができなくなった場合、
  （見逃し視聴有り）の方の受講料は（見逃し視聴無し）の受講料に準じますので、ご了承下さい。
  →こちらから問題なく視聴できるかご確認下さい（テスト視聴動画へ）パスワード「123456」

ハンズオン実習について

※本セミナーはPCを用いた操作や解析演習を交えて進行します。ご参加前に以下のご準備をお願い致します。

• ハンズオン実習の進め方について
  本セミナーは講師含め6名体制でサポート致します。主に以下のように進行します。
  1）講師：座学でのご講演とPC操作をご覧頂く
  2）受講者：お手元のPCで実際に操作
  3）受講者：何か不明点等が出たら、その場でチャット質問または、講師と1対1でやり取りできる
       小部屋（ブレイクアウトルーム）へご案内しサポート
  ※1）～3）を繰り返し2日間進行します。出来る限り対面セミナーに近い形でサポートします。
• 受講推奨環境・事前準備のお願い等
  1）以下を満たすPCをご準備ください。
  ・CPU：仮想化支援技術「IntelVT」もしくは「AMD-V」をサポートしているCPU
  ・メモリ:4GB以上 ・HDDやSSDの空き30GB以上
  ・マイク、スピーカーが使用できるPC（外付け可）
  ※古い機種でなければ、上記満たしている事が多いです。
  ※基本的にはZoomで視聴頂きながら、お手元で演習を行う事が可能ですが視聴用／演習用2台デバイスを
     ご準備頂くとより快適に受講できます。
  2）事前に「VirtualBox（フリーの仮想PCソフト）」および演習用データのダウンロード
  ・具体的なダウンロード方法などは、開催2週前を目途にご案内予定です。
  ・データ容量が最大15GB程度ございますので、十分な空き容量の確保をお願い致します。
  ・よくあるケースとして、セキュリティ等の関係でインストールや仮想環境立ち上げが上手くいかない
     場合がございます。特に会社のPCをご使用される際は、仮想環境が使用可能なPCをご準備願います。