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細胞動画像処理の事例と、
バイオイメージのための画像処理に必要な
知識や考え方・便利なツールの使い方を詳解!
セミナー趣旨
イメージング技術の発展に伴い、多種多様のバイオイメージが日々大量に得られています。これに対し、観察者バイアスや低スループットという問題を避けるべく、画像情報解析に基づく定量化、さらには深層学習など人工知能技術の応用により、さらなる高次知識の発見に繋げることが試みられています。こうした「バイオイメージ・インフォマティクス」は急速に発展しつつあります。
バイオイメージ・インフォマティクスは決して容易な課題ではありませんが、一方で画像解析ツールやライブラリの組み合わせで解決できる問題も多く存在します。
本セミナーでは細胞動画像処理の事例と、バイオイメージのための画像処理に必要な知識や考え方・便利なツールの使い方を紹介します。
習得できる知識
・画像処理の基本的な仕組み
・問題解決のためのアプローチ
・細胞画像処理に使えるツール・ライブラリ
セミナープログラム
1.細胞動画像解析の概要
1.1 細胞動画像の性質
1.2 細胞動画像処理の目的
2.細胞動画像処理と定量化の事例の紹介
2.1 細胞の検出
2.2 細胞の追跡
2.3 細胞の分類
2.4 その他の細胞画像処理
2.5 細胞動画像に関する共同研究について
3.基本的な画像処理の仕組みとツール(ImageJ+α)
3.1 デジタル画像の基礎
3.2 様々な画像処理ツール
3.3 バイオイメージと幾何学変換
3.4 色・明るさ・コントラストの重要さ
3.5 細胞の認識(背景差分・二値化・多値化)
3.6 特徴抽出とフィルタ処理
3.7 3次元画像について
3.8 動画
3.9 深層学習の利用
3.10 マクロを使う
4.おわりに
(質疑応答)
セミナー講師
大阪大学大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻
准教授 博士(情報科学) 瀬尾 茂人 先生
■主経歴
2004年- 2005年 :日本学術振興会 特別研究員
2006年3月 :大阪大学大学院情報科学研究科博士後期課程修了、博士(情報科学)
2006年- 2007年 :大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻 助手
2007年- 2017年 :大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻 助教
2017年- 現在 :大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻 准教授
2018年- 現在 :大阪大学データビリティフロンティア機構(兼任)
■専門・得意分野
バイオインフォマティクス、機械学習による遺伝子発現解析や細胞動画像の解析
■本テーマ関連の専門学会・協会・団体活動等
bioimageinformatics.jp(http://www.bioimageinformatics.jp)
セミナー受講料
1名41,800円(税込(消費税10%)、資料付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円
*学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引。
*準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みお願い致します。
(土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。)
受講について
*本講座は、Zoom を使用したオンラインセミナーです。
(下記ご確認の上、お申込み下さい)。
・本講座は、オンライン受講のみ可能です。セミナー会場での受講はできません。
*PCもしくはスマートフォンとネットワーク環境をご準備下さい。
・ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております。
お手数ですが下記公式サイトからZoomが問題なく使えるかどうか、ご確認下さい。
→ 確認はこちら
*Zoomアプリのインストールをしないブラウザからのご参加テストもこちらから可能です
*Skypeなど別のツールが動いておりますと、カメラ・マイクなどがそちらで使用されてしまいZoomで不調となる場合があります。お手数ですが同様のツールは一旦閉じてからお試し下さい。
・Zoomアプリのインストール、zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です
・本講座の配布資料は、PDFにてご送付申し上げます。
・本講座で使用される資料や配信動画は著作物であり、
録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止いたします。
・本講座はお申し込みいただいた方のみ受講いただけます。
複数端末から同時に視聴することやプロジェクタ等による複数人での視聴は禁止いたします。
・当日、可能な範囲で質疑応答、個別質問も対応致します。
(全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。)
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