Pythonのハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス解析入門 ~ツールの環境設定、解析の手順、実務上の留意点~

・ハンズオン形式で、実際に動かしながら学べる(macをご準備下さい)
・ツールの環境設定・構築方法も含め、初級者がつまずきがちな点に配慮しつつ解説をします。

セミナー趣旨

  バイオインフォマティクスは生物学データ・医学データの解析に不可欠の技術となりつつあります。
  本セミナーでは、実際のバイオインフォマティクス解析ツールとしてよく用いられている、Python(Biopython)について、ハンズオンで講義します。その導入・環境設定方法から、シークエンス解析やゲノム解析の実務・手順、そして起こりがちなミス・留意点に至るまでを解説します。
  尚、少人数制としており、口頭・マイクでの質問を常に受け付けます。皆様の疑問点や実習上の不明点に即対応できるよう心掛けます。

受講対象・レベル

・バイオインフォマティクスにこれから携わる方
・バイオインフォマティクスに着手しはじめたが、疑問や課題に直面している方
・特に、そのツールやソフトのインストール・環境構築方法、操作方法に苦慮している方   等
※ハンズオン指導の関係で、申込者多数の場合には、受講受付を締め切る可能性もございます。
   ご了承下さいませ。お申し込みはお早めにお願い致します。

習得できる知識

・バイオインフォマティクスの概略
・バイオインフォマティクスの標準的ツールであるBiopythonの環境設定方法とゲノム配列解析の実践手法
 (ハンズオンにより)

セミナープログラム

1.バイオインフォマティクス解析のための環境構築
 1.1 Minicondaのインストール
 1.2 Minicondaを通した環境構築
2.次世代シーケンス・データ解析
 2.1 GenBankへのアクセス法とNCBIデータベースの利用法
 2.2 基本的な配列解析
 2.3 FASTAQフォーマットの利用
 2.4 アラインメントデータ
 2.5 VCNファイル
 2.6 ゲノムアクセシビリティとSNPデータのフィルタリング
 2.7 HTSeqによるNGSデータ解析
3.ゲノム解析
 3.1 高品質レファレンスゲノムを用いた解析
 3.2 低品質レファレンスゲノムへの対応策
 3.3 ゲノムアノテーション・ファイル解析
 3.4 レファレンス配列からの遺伝子抽出
 3.5 Ensembl REST APIを用いたオーソログ遺伝子の抽出
 3.6 Ensemblを用いた遺伝子オントロジーの抽出
4.蛋白質構造データバンク(PDB)を使う
 4.1 Bio.PDBの説明
 4.2 PDBファイルから様々な情報を得る
 4.3 PDBファイルを解析する
 4.4 mmCIFファイルからの情報抽出


※質疑応答は原則、随時受け付けます。
・講義内容だけでなく、配布した書籍についての不明点・疑問点にも時間の許す限り応じます。
・セミナー後の講師へのメール質問も可能です。
 (量や内容次第では回答しかねることもございます。ご了承くださいませ。)


■受講特典
・講師の訳書『バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ』(朝倉書店)を進呈します。
・原則、セミナー開催日前日には郵送にてお手元に届くよう努めますが、お申し込みのタイミング等により
   セミナー後日のお届けとなることもございます。
※尚、こちらとは別に、講師作成の講演資料も配布致します。(こちらはPDFでの電子配布となります)

セミナー講師

 竹本 和広 先生   九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授 博士(情報学)

■講師紹介
2008年 京都大学 大学院情報学研究科 知能情報学専攻 博士後期課程修了
2009年 科学技術振興機構 さきがけ研究者
2012年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 助教
2015年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 准教授
2022年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 教授
・著作 『バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ』(阿久津達也・竹本和広[訳])(朝倉書店)

セミナー受講料

【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】:1名41,800円(税込(消費税10%)、資料付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円

【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】:1名47,300円(税込(消費税10%)、資料付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき36,300円

*学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引。

受講について

※本講座は、お手許のPCやタブレット等で受講できるオンラインセミナーです。

配布資料・講師への質問等について

  • 配布資料はPDF等のデータで送付予定です。受取方法はメールでご案内致します。
    (開催1週前~前日までには送付致します)。

    ※準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みをお願い致します。
    (土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。)
  • 当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
    (全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。)
  • 本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり、
    無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。

下記ご確認の上、お申込み下さい

  • PCもしくはタブレット・スマートフォンとネットワーク環境をご準備下さい。
  • ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております(20Mbps以上の回線をご用意下さい)。
    各ご利用ツール別の動作確認の上、お申し込み下さい。
  • 開催が近くなりましたら、当日の流れ及び視聴用のURL等をメールにてご連絡致します。

Zoomを使用したオンラインセミナーとなります

  • ご受講にあたり、環境の確認をお願いしております。
    お手数ですが下記公式サイトからZoomが問題なく使えるかどうか、ご確認下さい。
    確認はこちら
    ※Skype/Teams/LINEなど別のミーティングアプリが起動していると、Zoomでカメラ・マイクが使えない事があります。お手数ですがこれらのツールはいったん閉じてお試し下さい。
  • Zoomアプリのインストール、Zoomへのサインアップをせずブラウザからの参加も可能です。
    ※一部のブラウザは音声(音声参加ができない)が聞こえない場合があります。
     必ずテストサイトからチェック下さい。
     対応ブラウザーについて(公式) ;
     「コンピューターのオーディオに参加」に対応してないものは音声が聞こえません。

申込み時に(見逃し視聴有り)を選択された方は、見逃し視聴が可能です

  • 開催5営業日以内に録画動画の配信を行います(一部、編集加工します)。
  • 視聴可能期間は配信開始から1週間です。
    セミナーを復習したい方、当日の受講が難しい方、期間内であれば動画を何度も視聴できます。
    尚、閲覧用のURLはメールにてご連絡致します。
    ※万一、見逃し視聴の提供ができなくなった場合、
    (見逃し視聴有り)の方の受講料は(見逃し視聴無し)の受講料に準じますので、ご了承下さい。
    こちらから問題なく視聴できるかご確認下さい(テスト視聴動画へ)パスワード「123456」

実習・ハンズオンに際して/お願い事項

  • 1.受講申込者には演習で用いるコードとデータを事前にお渡しします。
  • 2.macOSで演習を行っていきます。macPCをご用意ください。
  • 3.計算機は一般的なスペック(256GBストレージ、8GBメモリ)で十分動作します。
  • 4.可能なら「Miniconda」https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.htmlを事前に
      インストールしておいてください。

※セミナーに申し込むにはものづくりドットコム会員登録が必要です

開催日時


12:30

受講料

41,800円(税込)/人

※本文中に提示された主催者の割引は申込後に適用されます

※銀行振込、コンビニ払い

開催場所

全国

主催者

キーワード

バイオ技術一般   CAE/シミュレーション   情報マネジメント一般

※セミナーに申し込むにはものづくりドットコム会員登録が必要です

開催日時


12:30

受講料

41,800円(税込)/人

※本文中に提示された主催者の割引は申込後に適用されます

※銀行振込、コンビニ払い

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全国

主催者

キーワード

バイオ技術一般   CAE/シミュレーション   情報マネジメント一般

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